A ausência de um programa de melhoramento consistente durante décadas deixou à empírica intervenção dos criadores a decisão da seleção dos reprodutores, a qual obedecia a objetivos momentâneos e, na maioria das vezes, sem critérios precisos.
Na atualidade, a Associação de Criadores do Maronês desenvolve um conjunto de ações, enquadradas no Livro Genealógico da Raça, conducentes à melhoria sistemática das características, que na atualidade têm maior valor económico, concretamente:
- no segmento mãe, a adaptação ao meio, traduzida pela precocidade sexual, o intervalo entre partos e as qualidades maternas;
- no segmento pai, o perfil étnico, a fertilidade, o rendimento e a qualidade da carcaça;
- no segmento filho, o peso ao desmame, o rendimento em carcaça e a qualidade da carne.

O programa de melhoramento serve-se da informação genealógica, produtiva e reprodutiva, recolhida pelas equipas de campo nas explorações de toda a região, isto é, ascendência, datas de beneficiações e partos, evolução dos pesos ao longo da cria e recria. Do matadouro, vem a informação dos rendimentos em carcaça e em carne.

Em 2008, iniciou-se o estudo dos parâmetros reprodutivos: idade ao primeiro parto e intervalo entre partos com vista ao estudo da produtividade numérica da raça.

Em 2012, foi publicado oficialmente a avaliação genética da idade ao primeiro parto e do intervalo entre partos. Para a idade ao primeiro parto foram analisadas 6956 idades ao primeiro parto, sendo o valor médio de 829±116 dias. A estimativa da heritabilidade para esta característica (h2) foi de: h2=0,08±0,03. No estudo do intervalo entre partos foram analisados 21848 intervalos entre partos de 5861 vacas presentes em 1810 explorações. O intervalo entre partos médio global foi de 390,9±56.9 dias. As estimativas da heritabilidade (h2) e repetibilidade ( R) para esta característica foram de:

h2= 0,011±0,009
R=0,082±0,008

Foi igualmente analisada a população bovina maronesa com vista ao estudo demográfico da raça, representado 8% de animais endogâmicos com um nível de endogamia média nos endogâmicos de 12,21%. O aumento do número de animais endogâmicos ao longo dos últimos anos reflete um conhecimento acrescido da genealogia, contudo o seu coeficiente de endogamia tem vindo a diminuir, o que se traduz numa maior eficiência de funcionamento do Livro Genealógico da raça.

O conhecimento destes resultados possibilita, em termos futuros, que haja um maior controlo e gestão do efetivo maronês levando ao seu melhoramento. É ainda objetivo do plano de melhoramento genético da raça dar continuidade ao estudo destas características e aprofundar o conhecimento de outras, com vista ao aperfeiçoamento da raça.